Σύμφωνα με στοιχεία της αρχικής αναγνώρισης, ο Λευκώνας ονομαζόταν Καβακλή και αποτελούσε την κοινότητα Καβακλή, (Β.Δ. 209/Α/05-09-1920).
Αρχικά η Κοινότητα Καβακλή αποτελούνταν μόνο από το Καβακλή, στη οποία προσαρτήθηκε το Κάτω Μετόχι, αφού αποσπάστηκε από την Κοινότητα Ξηροτόπου, (Δ. 256/Α/01-12-1928).
Ο συνοικισμός Μετόχι αποσπάστηκε από την Κοινότητα Λευκώνα και προσαρτήθηκε στο Δήμο Σερρών σύμφωνα με το Β.Δ. 188/1970, (Β.Δ. 56/Α/06-03-1970).
Με τον Ν. 2539/1997, « Συγκρότηση Πρωτοβάθμιας Τοπικής Αυτοδιοίκησης», συστάθηκε ο Δήμος Λευκώνα αποτελούμενος από τις πρώην Κοινότητες, Λευκώνα, Καλά Δένδρα και Χριστός, (ΦΕΚ 244/Α/04-12-1997).
Σύμφωνα με ιστορικά στοιχεία στο Καβακλή (Λευκώνα) εγκαταστάθηκαν το 1920οι πρώτοι πρόσφυγες Ελληνοπόντιοι. Πρόκειται για ένα κατεξοχήν προσφυγικό χωριό με έντονη την παρουσία κυρίως του Ποντιακού στοιχείου καθώς επίσης του Μικρασιάτικου και του Θρακιώτικου.
Σύμφωνα με άλλες πηγές οι ντόπιοι κάτοικοι του Λευκώνα είναι απόγονοι Αιγυπτίων που ήρθαν με στράτευμα για να βοηθήσουν τους Τούρκους.
Η αρχική ονομασία Καβακλή όπως άλλωστε και η μετονομασία σε Λευκώνα, προέρχεται από τα «Καβάκια» τις γνωστές Λεύκες, χαρακτηριστικό στοιχείο της περιοχής. (πηγή: εργασία κ. Γιάννη Γεωργιάδη)
Στις αρχές του 1919 οι Άγγλοι έχοντας την ευθύνη εγκατάστασης των προσφύγων στο Ν. Σερρών ετοιμάζουν στο Λευκώνα οικόπεδα χαραγμένα με σχέδιο, Δυτικά του υδραγωγείου και Βόρια του σημερινού δημοτικού σχολείου.
Ήταν χαραγμένα σε τρεις σειρές, περίπου 70 οικόπεδα, του ενός στρέμματος το καθένα και μέσα σ’ αυτό υπήρχε μια παράγκα.
Μια μεγάλη παράγκα χωρισμένη στα δύο εξυπηρετούσε σαν εκκλησία και σχολείο.
Όταν πρωτοήρθαν οι πρόσφυγες σ’ αυτό το μέρος κατοικούσαν οι μελαψοί και οι ντόπιοι σε καλύβες από καλάμια και άχυρο, Δυτικά από το ποτάμι προς τον κάμπο και αριθμούσαν όλοι μαζί περίπου τις 25 οικογένειες. Οι οικογένειες μιλούσαν Βουλγάρικα.
Η περιοχή ήταν κατάφυτη από λεύκες (τουρκικά: καβάκ) και από το δένδρο αυτό, το χωριό ονομάστηκε Καβακλί.
Στην απογραφή του 1920 το χωριό είχε 410 κατοίκους.
Αρχές του 1920 οι κάτοικοι χαλούν τις καλύβες και χτίζουν σπίτια από πλιθιά. Αρχίζουν να ασχολούνται με τη γεωργία, καλλιεργώντας ο καθένας χωράφια αυθαίρετα, όπου ήθελε.
Το 1921 ήρθαν και εγκαταστάθηκαν στο Λευκώνα οι βλάχοι, Βόρια προς το παρεκκλήσι του Αγίου Γεωργίου.
Το 1922 φτάνουν στο χωριό έξη οικογένειες από τη Θράκη και την ίδια χρονιά έρχονται και κάποιες οικογένειες Ποντίων και κατοικούν πάνω από τον κεντρικό δρόμο, στην περιοχή του σημερινού Δημαρχείου.
Μια μεγάλη πλημμύρα το 1923, αναγκάζει τους κατοίκους να μετακινηθούν ανατολικά της κάτω εκκλησίας οι μελαψοί και λίγο πιο ψηλά από την αρχική τους θέση οι ντόπιοι.
Το 1927 έρχονται περίπου 100 οικογένειες πόντιοι παρτουζλίδες από το Ορμένιο Θράκης και άλλες 20 οικογένειες Ορτάκελιδες από την Κομοτηνή.
Δεύτερος παγκόσμιος πόλεμος – Βουλγαρική κατοχή.
Με την έναρξη του ελληνοϊταλικού γίνεται επιστράτευση στο χωριό και κατόπιν συγκροτείται το 70ο Σύνταγμα.
Τον Μάιο του 1941 έρχονται στο Λευκώνα οι Βούλγαροι κατακτητές.
Στην αρχή ήταν ελαστικοί με τους κατοίκους, τους οποίους επέτρεπαν να ασχολούνται με τις εργασίες τους. Η κατάσταση όμως αλλάζει και η αναστάτωση που επικρατεί στην περιφέρεια της Μακεδονίας επηρεάζει και τον Λευκώνα. *
Οι Βούλγαροι αποχωρούν από το χωριό το 1944, ενώ η ζωή προσπαθεί να βρει τους ήρεμους ρυθμούς της.
Ξεσπά ο εμφύλιος πόλεμος (1946/1947). Οι αντάρτες χτυπούν το χωριό. Καίνε σπίτια, λεηλατούν περιουσίες και ανατινάζουν τη γέφυρα.
Σήμερα, ο Λευκώνας είναι μια ημιαστική περιοχή, που από πολλούς χαρακτηρίζεται ως προάστιο των Σερρών.
